La storia della Società Siciliana di Scienze Naturali è strettamente legata alla storia della testata scientifica “Il Naturalista siciliano”; questa rivista nasce alla fine dell’Ottocento per volontà di Enrico Ragusa, giovane palermitano, che, per imparare l’arte alberghiera, fu mandato dal padre a Francoforte dove ebbe modo di avvicinarsi ad alcuni cultori delle scienze naturali che gli trasmisero questi interessi culturali, soprattutto per quanto riguarda l’entomologia. Tornato in Sicilia, acquista a Palermo la bella dimora degli Ingham che trasforma nel “Grand Hotel des Palmes”. Nel 1870 si iscrive alla Società Entomologica Italiana e fino al 1880 pubblica i risultati delle proprie ricerche entomologiche sul Bollettino di questa Società. Avverte però presto l’esigenza di poter disporre di una rivista scientifica siciliana, dove convogliare i risultati dei propri studi e di quelli di molti conterranei che in quel periodo svolgono le loro ricerche nell’Isola. Nell’ottobre del 1881 vede così la luce il primo fascicolo de “Il Naturalista Siciliano” Giornale di Scienze Naturali. Intorno a questa sua idea il Ragusa riunisce un gruppo di attivi naturalisti dell'epoca, quali il Marchese di Monterosato per la malacologia, il Marchese Antonio De Gregorio Brunaccini per la parte geologica, Teodosio De Stefani Perez per la zoologia e tanti altri. È però a partire dal 1895 che alcuni soci, primo fra tutti il Marchese De Gregorio, pensano alla creazione di una grande Società di Naturalisti Siciliani. Fra il 1881 ed il 1948 videro la luce complessivamente 32 Volumi de “Il Naturalista Siciliano”. Oltre 600 furono i contributi pubblicati, di cui quasi la metà a carattere entomologico.
Più recentemente, e precisamente il 17 gennaio 1977, un gruppo di naturalisti siciliani rifonda a Palermo la "Società Siciliana di Scienze Naturali" eleggendo come primo Presidente l’illustre professor Marcello Carapezza che in una breve frase racchiude l’anima di questo rinnovato sodalizio scientifico: La conoscenza naturalistica deve divenire in Sicilia anche e soprattutto coscienza naturalistica, prima che la speculazione completi la sua devastazione. Se alla formazione di questa coscienza "Il Naturalista Siciliano" darà un contributo, c’è davvero da augurargli vita lunga ed operosa. L’impostazione assunta è molto simile ad analoghi sodalizi presenti in tutta Italia (Società Italiana di Scienze Naturali a Milano, Società Sarda di Scienze Naturali, Società Veneziana di Scienze Naturali, Società dei Naturalisti in Napoli, ecc.). La Società rinasce non più con il solo obiettivo di pubblicare la storica rivista scientifica, ma si prefigge una serie di scopi che mirano alla diffusione della cultura naturalistica. Numerose sono infatti le attività che la Società ha messo in essere, in questi ultimi anni, che hanno visto la partecipazione di un vasto pubblico interessato alla cultura delle scienze naturali. Rappresentanti del mondo accademico ma anche cultori, appassionati e numerosi studenti hanno sempre animato tutte le attività sociali organizzate. Dal 1998, avendone le caratteristiche previste dalla legislazione nazionale, ha assunto la connotazione di Organizzazione Non Lucrativa di Utilità Sociale (ONLUS).

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